|
|
Optimalizace metody izotermální amplifikace zprostředkované smyčkou pro testování infekce způsobené bakterií Streptococcus pneumoniae
Friček, Matúš ; Jeřábek, Petr (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Streptococcus pneumoniae je grampozitivní patogenní bakterie. Podle světové zdravotnické organizace je tato bakterie nejčastěji se vyskytujícím mikrobiálním zdrojem onemocnění jako je pneumonie či meningitida u dětí. Standardem pro detekci patogenů je v současnosti polymerázová řetězová reakce. V posledních desetiletích došlo k rozvoji amplifikačních metod, mezi které se řadí také izotermální amplifikace zprostředkovaná smyčkou, která by díky své nízké instrumentální náročnosti i jednoduchému způsobu vyhodnocení mohla představovat vhodnou alternativu pro detekci patogenů. Zavedení této metody do klinické praxe je komplikováno častým výskytem falešné pozitivity u vzorků neobsahujících příslušnou DNA. V rámci předkládané bakalářské práce bylo proto velmi důležité identifikovat a odstranit hlavní zdroj kontaminace, jimž se na základě dosažených výsledků zdají být produkty předchozích reakcí. V současnosti se pro detekci bakterie S. pneumoniae metodou PCR nejčastěji využívají geny lytA a piaB. V dostupných zdrojích není zmínka o využití genu piaB pro LAMP detekci bakterie S. pneumoniae. Předmětem této práce bylo navržení optimální sady LAMP "primerů" pro detekci tohoto genu. V rámci optimalizace metody byly LAMP experimenty prováděny s využitím různých způsobů vizualizace produktů reakce, konkrétně...
|
|
|
Studium využití uracil-DNA glykosylasy s cílem zamezit kontaminací testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí
Zrnová, Adéla ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Prošková, Veronika (oponent)
Amplifikace DNA je velmi důležitý nástroj diagnostiky infekčních nemocí. Nejběžněji používanou metodou v laboratořích je polymerázová řetězová reakce, která však nesplňuje potřebu rychlé a vybavením nenáročné metody. Bylo tedy nutné vyvinout metodu, která bude citlivá, rychlá, specifická a dostupná i například pro rozvojové země s omezeným přístupem k přístrojovému vybavení. Zdá se, že touto metodou by mohla být LAMP. Metoda LAMP se bohužel setkává se značnou falešnou pozitivitou, které je třeba zabránit, aby ji bylo možné využít v praxi. Předmětem předkládané bakalářské práce je zavedení unikátní LAMP metody detekce přítomnosti DNA Streptococcus pneumoniae a dále studium využití uracil-DNA glykosylasy k zamezení kontaminace vzorků pomocí DNA vzniklé v předchozích amplifikačních reakcích. LAMP metoda detekce DNA Streptococcus pneumoniae byla úspěšně zavedena, poté byla metoda optimalizována i v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu. Po zjištění vhodné koncentrace deoxyuridintrifosfátu pro LAMP amplifikaci, byly takto vzniklé produkty amplifikace DNA Streptococcus pneumoniae ošetřeny pomocí uracil-DNA glykosylasy. Bylo prokázáno, že tento postup má potenciál zamezit falešné pozitivitě dalších amplifikačních reakcí pro detekci DNA Streptococcus pneumoniae v laboratoři. Klíčová slova: polymerázová...
|
host ::
RSS.